A Congregação da Fatec Mogi das Cruzes é o órgão supervisão de ensino, da pesquisa e da extensão de serviços à comunidade. É composta por um grupo de pessoas que se reúnem a cada dois meses e sempre que necessário com o intuito de criar, propor, avaliar e aprovar medidas que visem o contínuo aperfeiçoamento, obedecendo as diretrizes gerais da política educacional do CPS. A composição do grupo é feita através de eleição e os representantes são escolhidos pelos seus pares.
Além do diretor da unidade e dos coordenadores de curso, a congregação é composta por membros eleitos pelos pares, além de um representante da unidade. A composição atual da congregação é:
Direção e Todos Coordenadores Ensino Superior III